In de jaren zestig en zeventig van de 20e eeuw voerde de Rode Khmer een guerrillastrijd tegen het bewind van Prins Sihanouk en Generaal Lon Nol. De beweging was oorspronkelijk opgezet door de Vietnamese communisten, die lange tijd nog een stevige vinger in de pap hielden. Veel eenheden bestonden feitelijk uit Vietnamezen en aanvankelijk werden de hogere kaders door Vietnamezen gecontroleerd. De Amerikaanse bombardementen vanuit de lucht en het wanbestuur van Lon Nols regering dreef de bevolking in de armen van de Rode Khmer en het bewind zeeg ineen. De beweging groeide en rond 1972 waren de Vietnamezen gedwongen Pol Pot als volwaardige bondgenoot te erkennen in plaats van junior partner. Een andere belangrijke politieke overwinning was het monsterverbond met Norodom Sihanouk dat de Rode Khmer onder Chinese pressie sloten. De steun van de voormalige koning bleek essentieel in het winnen van het vertrouwen van de bevolking.

Al tijdens de opmars raakte Pol Pot onder de indruk van de eenvoud van de bergbewoners. Daar kwam nog bij dat veel Rode Khmer afkomstig waren van het zeer primitieve platteland en hadden een hekel aan steden. Als de Rode Khmer een provinciestad in hadden genomen hervatte het dagelijks leven zich meestal binnen enkele dagen, waarop Pol Pot onthutst reageerde. Als alles bij het oude bleef, dan zou de hele revolutie geen nut hebben. Hierop bedacht de partij radicalere oplossingen zoals het deporteren van de bevolking, en begon ze in de praktijk te brengen. Als de mensen niet wilden veranderen, dan moest iedereen volgens Pol Pot maar gedwongen boer worden. Ook werd het eenvoudige zwarte tenue ingevoerd dat iedereen diende te dragen. Juwelen en dergelijken waren verboden.

In april 1975 bezetten de Rode Khmer Pnomh Penh en werd Rode Khmerleider Pol Pot dictator van Cambodja, maar Norodom Sihanouk werd tot titulair staatshoofd benoemd wat het aanzien van de Rode Khmer aanzienlijk vergrootte. Na verloop van tijd had men hem niet meer nodig en werd hij aan de kant gezet. Al na enkele dagen ontruimden de Rode Khmer de stad en dreven de bevolking naar het platteland. De hardhandigheid van deze deportaties verschilde per commandant. Sommige commandanten stonden de bevolking toe persoonlijke bezittingen mee te nemen of terug te keren naar hun geboorteplaats, anderen dwongen de bevolking daar naartoe te gaan waar zij wilden. Veel stedelingen waren van het platteland gevlucht wegens de oorlog, maar met name voor de oorspronkelijke stedelingen was dit een zware beproeving. Ze kenden niemand en kwamen onderaan de hiërarchie te staan. Ongehoorzaamheid werd bestraft met mishandeling of executie. Ook werd in dit prille stadium nog niet onthuld dat de Rode Khmer voor een communistische partij streden, men sprak simpelweg over "Angkar" (de Organisatie).

Steden werden ontruimd en mensen werden gedwongen om te verhuizen naar het platteland, waar ze in collectieve boederijen moesten werken. Persoonlijke eigendommen diende men meestal achter te laten. De communistische leer werd gecombineerd met een Spartaanse "back to basics" ideologie. Steden werden door de van het platteland afkomstige Rode Khmer als "slecht" bestempeld, evenals intellectuelen van wie velen bovendien voor Lon Nols regime hadden gewerkt. Vele mensen (monniken, leerkrachten, artsen, ambtenaren, militairen, ...) werden geëxecuteerd, vaak zonder enige reden of voor lichte vergrijpen. De mensen werden in de collectieven ingedeeld in drie categorieën: de partijleden, de aspiranten en de gedeporteerden. Partijleden hadden het voor het zeggen en kregen uiteraard de beste behandeling en het beste voedsel. De aspiranten waren plattelandsbewoners en stedelingen die oorspronkelijk van het platteland kwamen en kregen eveneens een wat betere behandeling. De gedeporteerden vormden een restcategorie van stedelingen en intellectuelen, en werd het slechtst behandeld en kreeg het minste eten.

Partijleden en aspiranten werden in de collectieve boerderijen intensief geindoctrineerd. Behalve het orwelliaans afschaffen van woorden die op individualiteit duidden was een methode die van zelfkritiek. Men moest niet alleen een eigen levensgeschiedenis schrijven en die aan de hand van de leer bekritiseren, maar men diende zelfs iedere dag in collectief verband eigen fouten te verkondigen, evenals misstappen van anderen. Als vergrijpen werd onder andere aangemerkt: het houden of verzamelen van voedsel voor zichzelf, een dagboek bijhouden, insubordinatie of onvoldoende presteren. De straffen die hierop stonden waren onder andere vermindering van rantsoenen, het overslaan van maaltijden, lijfstraffen en executie. De familie werd afgeschaft. Slechts "Angkar" bepaalde wie zich met wie mocht voortplanten en voedde de kinderen die hieruit voortkwamen op. Zelfs woorden als vader en moeder mochten niet meer gebruikt worden. Voedsel mocht slechts collectief worden genuttigd tijdens maaltijden in de eetzaal. Zelfs het verzamelen van fruit was verboden omdat dat "egocentrisch" zou zijn, al het fruit behoorde immers toe aan "Angkar". Inkrimping van rantsoenen of iemand een maaltijd geheel ontzeggen was een populaire straf die vaak tot gevolg had dat men te ziek werd om te werken, helemaal niets meer kreeg, en ten slotte overleed. Etnische Vietnamezen en Cham hadden het extra zwaar te verduren. Geld werd eveneens afgeschaft en later werd zelfs ruilhandel ontmoedigd. "Angkar" zou het nodige verstrekken, en wie zelf dingen maakte of verzamelde was "egocentrisch" en werd daarvoor gestraft. Later besloot Pol Pot de teugels wat te laten vieren en er werden plannen gemaakt voor herintroductie van geld. Er bestond weinig samenwerking of coördinatie tussen de verschillende eenheden van de Rode Khmer. Dit werkte de wreedheden en hongersnood in de hand. Commandanten wisten dat ze gestraft zouden worden als ze onvoldoende presteerden en wilden in ieder geval niet de laatste zijn. Hierdoor ontstond een zekere concurrentie die leidde tot radicalisering. Ook werkte het gebrek aan coördinatie hongersnood in de hand daar communicatie tussen de gebiedsdelen erdoor gehinderd werd en handel bovendien ontmoedigd of zelfs verboden werd.

Ondanks de Vietnamese steun waren er voortdurend schermutselingen tussen de Vietnamezen en Cambodjanen, zelfs al voor de machtsovername in 1975. Ook bij de Rode Khmer was haat tegen de Vietnamezen diep geworteld, en het bewind stelde zich steeds provocerender op. Onderwerp van conflict waren de slechte behandeling van Vietnamese immigranten in Cambodja, Cambodjaanse aanspraken op Khmer Krom, en een conflict over enkele eilanden in de Golf van Thailand voor de Cambodjaanse kust waar Vietnam aanspraak op maakte. Ook bestond ergernis over de mate waarin Vietnam invloed probeerde uit te oefenen wat samenviel met de reeds bestaande angst- en afgunstgevoelens van de Cambodjanen tegen hun grote Vietnamese oosterbuur. Men trachtte steun te zoeken bij China. De Vietnamezen rustten verscheidene strafexpedities uit en besloten ten slotte de Rode Khmer te verwijderen in een grootschalige militaire operatie. In januari 1979 viel een leger van 150,000 Vietnamezen Cambodja binnen en liep de zwakke Rode Khmereenheden binnen twee weken onder de voet. De Vietnamezen bezetten vrijwel het gehele land en installeerden een nieuwe regering. China viel Vietnam binnen in de Chinees-Vietnamese oorlog, mede om de Rode Khmer te ontlasten. Deze opzet mislukte, de aanval verliep voor de Chinezen onbevredigend en was onvoldoende om de Vietnamezen ertoe te zetten troepen uit Cambodja terug te trekken. Steun kwam indirect ook uit de Verenigde Staten, die ervoor zorgde dat de VN-zetel van Cambodja (voorlopig) niet aan het door Vietnam gesteunde nieuwe regime verviel. De Vietnamezen werden aanvankelijk door de bevolking als bevrijders binnengehaald, maar werden daarna steeds impopulairder.

Na de verdrijving van het regime van Pol Pot door de Vietnamezen, hield de Rode Khmer nog jaren stand vanuit de Cambodjaanse jungle. In de jaren '90 van de 20e eeuw had de Rode Khmer zich onder andere teruggetrokken in de Dongrekbergen. Ze werden gesteund door China en Thailand, en indirect door de Verenigde Staten die op deze manier Vietnam en zijn Russische bondgenoot wilde uitputten. De communistische ideologie werd radicaal overboord gegooid en de communistische partij werd ontbonden, in de hoop goodwill bij de bevolking en het buitenland te kweken. De Rode Khmer verloor meer en meer steun en begon in de jaren '90 uiteen te vallen. Verscheidene leiders liepen over en Pol Pot zelf werd door Ta Mok, een van de hogere commandanten, wegens "wanbestuur" gevangen genomen in 1997. Negen maanden later overleed Pol Pot.

Na vele jaren van moeizame onderhandelingen werd in 2004 eindelijk overeenstemming bereikt tussen de Verenigde Naties en Cambodja over de vorming van een Cambodja-tribunaal dat een aantal vroegere leiders van de Rode Khmer moest gaan berechten. Lange tijd was dit door Cambodjaanse politici tegengewerkt, omdat diversen van hen banden hebben met of voortkomen uit de Rode Khmer. Op 3 oktober 2004 bereikte men toch een overeenkomst waarin werd besloten tot de vorming van een tribunaal. Dit tribunaal heeft echter geen internationale status, het is een onderdeel van het Cambodjaanse rechtsstelsel. Vijf belangrijke verdachten en laatste overgebleven hoge leidinggevenden van de Rode Khmer konden op dat moment nog terechtstaan. Drie belangrijke verdachten konden echter niet meer worden vervolgd; Pol Pot overleed in 1998, Kheiu Ponnary, de eerste echtgenote van Pol Pot, overleed in 2003, en de voormalige commandant en '"Broeder nummer 4"Ta Mok in 2006, in gevangenschap in afwachting van zijn proces.